馬駿博士現任中國金融學會綠色金融專業委員會主任、北京綠色金融與可持續發展研究院院長、國家生態環境保護專家委員會委員、國家碳中和科技專家委員會委員、中華環境保護基金會理事、中國環境與發展國際合作委員會特邀顧問、「一帶一路」綠色發展國際聯盟諮詢委員會委員等職務。

在中國香港地區，馬駿博士現任香港碳中和及可持續發展委員會委員，香港特首政策組專家組成員、香港綠色金融協會主席兼會長，香港致雨基金會主席。

在國際上，馬駿現任「一帶一路」綠色投資原則指導委員會共同主席、國際可持續金融平台（IPSF）可持續金融標準工作組共同主席，可持續投資能力建設聯盟主席等職務，曾任G20可持續金融工作組共同主席。

2018年6月-2021年3月，馬駿博士擔任中國人民銀行貨幣政策委員會委員；2018年-2020年，擔任清華大學金融與發展研究中心和綠色金融發展研究中心主任。2014-2017年，馬駿博士在擔任中國人民銀行研究局首席經濟學家期間，牽頭起草了《關於構建綠色金融體系的指導意見》，並推動形成了G20平台下的全球綠色金融共識。2000-2013年，任德意志銀行大中華區首席經濟學家和董事總經理等職。1992-2000年間，曾任世界銀行高級經濟學家和國際貨幣基金組織經濟學家。1988-1990年，在中國國務院發展研究中心擔任研究人員。

馬駿博士出版了十幾部著作和發表了數百篇關於宏觀經濟、貨幣政策、環境經濟學和綠色金融方面的文章。